Мы вместе со швейцарскими коллегами запустили ещё одно биологическое машин-лёрнинговое соревнование. На этот раз постановка задачи достаточно простая, чтобы могли участвовать ML-щики без серьёзной подготовки в биологии.
Всех приглашаю посоревноваться и показать нам, как, чёрт возьми, иницируется транскрипция.
Авторы призовых решений становятся соавторами статьи по результатам соревнования.
Ссылка: https://epic.autosome.org
(репост от Вениамина Фишмана)
Дорогие коллеги!
Команда IBIS (https://ibis.autosome.org) запускает соревнование EPIC (Eukaryotic Promoter and transcription Initiation prediction Challenge): по последовательности ДНК предсказать, где и с какой силой РНК-полимераза II начинает транскрипцию — с точностью до нуклеотида и цепи — у пяти немодельных животных: устрицы, осьминога, амбарной огнёвки, молочайного клопа и катрана. Данные — неопубликованные csRNA-seq из лаборатории Саши Дуттке, тестовые хромосомы закрыты до объявления победителей.
Разрешены только геном и наши треки, плюс предобученные геномные модели (AlphaGenome, Evo2 и др.).
Две задачи: есть ли инициация (AUPRC) и её сила (Spearman); медали по каждому виду и в общем зачёте.
Все, кто обошёл бейзлайн, входят в консорциум EPIC — коллективного соавтора итоговой статьи; медалисты — соавторы лично.
Для разминки открыт датасет по Nematostella и скрипты офлайн-оценки. Старт — 4 сентября, дедлайн — 30 ноября 2026.
Ссылки:
https://epic.autosome.org
https://t.me/+lfC17rwA3xszNmZi
